Kabupaten Merauke merupakan salah satu dari 29 Kabupaten/Kota yang ada di Provinsi Papua terletak dibagian selatan dan memiliki wilayah terluas diantara Kabupaten/ Kota di Provinsi Papua. Secara geografis, Kabupaten Merauke terletak pada 137° - 141° BT dan 6° - 9° LS. Luas Kabupaten Merauke ±45.071 km².Sebagian besar wilayah Kabupaten Merauke merupakan dataran rendah dan berawan.Secara geografis, Kabupaten Merauke merupakan kabupaten yang wilayah darat dan lautnya berbatasan langsung dengan Negara tetangga Papua New Guinea dan Australia.

Kantor Kesehatan Pelabuhan Kelas III Merauke merupakan 1 dari 49 Kantor Kesehatan Pelabuhan yang ada di Indonesia, kantor induk terletak di Kabupaten Merauke dan mempunyai wilker di tiga kabupaten, yaitu Wilker Pelabuhan Laut Bade di Kabupaten Mappi, Wilker Mindiptanah di Kabupaten Boven Digoel, dan Wilker Pelabuhan Laut Agats di Kabupaten Asmat.Kantor Kesehatan Pelabuhan Kelas III Merauke terletak di Jl. Prajurit No. 1 Merauke.